「超速变形螺旋杰特」的故事主线是围绕着就读于ARCADIA 学园的小学五年级生「轰驱流」、和主角一起长大的青梅竹马「稻叶凛音」以及初中部的「速水俊介」3人展开，因为某个古老的预言，主角3人被选为神秘机器人的驾驶员，并与邪恶组织XENON展开了一场超速对决！